Ten artykuł od 2010-12 wymaga uzupełnienia źródeł podanych informacji. Informacje nieweryfikowalne mogą zostać zakwestionowane i usunięte. Aby uczynić artykuł weryfikowalnym, należy podać przypisy do materiałów opublikowanych w wiarygodnych źródłach.

Prefekt w Księstwie Warszawskim był władzą stojącą na czele departamentu. Podlegał służbowo Ministrowi Spraw Wewnętrznych, zobowiązany był jednak do wykonywania poleceń także innych ministrów. Decyzje podejmował jednoosobowo, z wyjątkiem sporów administracyjnych, podlegających kompetencji Rady Prefekturalnej. Jego pomocnikiem w sprawach policyjnych był odrębny komisarz, podporządkowany Ministrowi Policji. Podlegał mu również Intendent Dóbr i Lasów Narodowych, gdyż sprawy zarządu majątkiem narodowym podlegały wówczas resortowi spraw wewnętrznych. Sprawował również nadzór nad administracją skarbową w departamencie, merytorycznie podległą Ministrowi Przychodów i Skarbu (Dyrekcją Skarbu). Nie były mu natomiast podległe sądownictwo i wojsko.

Bezpośrednio podporządkowana była prefektowi administracja powiatowa, na czele której stali podprefekci.

Prefektami w Księstwie Warszawskim mianowano przedstawicieli ziemiaństwa lub arystokracji.